С 22 октября 1920 года в Омске началась подготовка медицинских кадров. Идея создания в Омске второго в Западной Сибири медицинского факультета возникла зимой 1919-20 гг. и обусловливалась чрезвычайно неблагополучной санитарно-эпидемиологической обстановкой и антисанитарным состоянием населенных мест.
На обширной территории Омской губернии, в состав которой вводили в то время современные Тюменская, Кокчетавская, Ceвepo-Казахстанская и Акмолинская области, нарастала заболеваемость сыпным, возвратным, брюшным тифом, оспой, дифтерией, малярией, дизентерией, туберкулезом, сифилисом, чесоткой, паршой и другими заразными болезнями.
Только в Омске в ноябре 1919 года было 15000 тифозных больных, более сотни из которых ежедневно умирало. Младенческая смертность составляла 319,0 на 1000 родившихся живыми, а общая—достигала 29,3 на 1000 населения. Для госпитализации больных имелась одна койка на 2185 жителей. На одного врача в среднем приходилось по 1930 жителей (в городе—4300, в уездах— 41300, к примеру, в европейской части России этот показатель составлял 6500 населения), а территория одного врачебного участка составляла в среднем более 20000 кв. верст, с радиусом до 85 верст.
За годы революции, гражданской войны и голода была практически разрушена и без того малая сеть лечебных учреждений. В конце 1920 года общий недостаток врачебных кадров в губернии составлял 76%.
К 1919 году подготовка врачей в Сибири осуществлялась лишь на медицинском факультете Томского государственного университета, выпускавшем в среднем по 40 специалистов в год.
Инициатором открытия факультета в Омске был заведующий Сибирским отделом здравоохранения Павел Николаевич Обросов.
В июне 1920 года было вынесено заключение «о полной возможности открыть в Омске медицинский факультет».
Эта возможность обосновывалась наличием кадров преподавателей из местных врачей, реальностью привлечения профессорско-преподавательского состава из других вузов, наличием научно-учебных и лечебных учреждений — баз для клиники медицинского факультета.
Занятия для 186 студентов начались 20 декабря в здании, расположенном на улице Тарской. Возглавлял работу отделения доктор К. В. Ромодановский.
При участии Сибздрава, губздрава, студентов и общественности города быстро шла работа по оборудованию факультета, и уже в апреле 1921 года был поставлен вопрос о самостоятельном существовании вуза, и это отделение было преобразовано в самостоятельный Западно-Сибирский государственный медицинский институт.
Первым факультетом стал лечебный, организованный в 1920 году. В 1931 году был создан педиатрический факультет. В 1938 году создан санитарно-гигиенический факультет (переименованный в 1989 году в медико-профилактический факультет). Стоматологический факультет был открыт в 1957 году. Самым молодым факультетом является фармацевтический, открытый в 2002 году. В 1925 году состоялся первый выпуск дипломированных врачей.
В июне 1941 года, в первые дни Великой Отечественной войны, из вуза было мобилизовано большое количество студентов и 153 сотрудника. В порядке эвакуации 4 ноября 1941 года в ОМИ прибыли преподаватели и студенты 2-го Московского медицинского института. Его профессора, доценты, ассистенты были прикомандированы к соответствующим кафедрам. Так начал свою работу военно-медицинский факультет MMИ. Всего за годы Великой Отечественной войны Омский медицинский институт подготовил для страны 1646 врачей. За героизм, проявленный на фронте и в тылу, 270 научных сотрудников награждены орденами и медалями, более 400 сотрудников и студентов удостоены медали «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941 — 1945 гг.».
В 1971 году за заслуги в развитии здравоохранения, медицинской науки и подготовке кадров Указом Президиума Верховного Совета РСФСР институт был награжден орденом Трудового Красного Знамени.
За годы работы ОмГМА выпустила около 40 000 врачей. Среди ее выпускников более 250 докторов, 1400 кандидатов медицинских наук. Почти 1000 сотрудников награждены значком «Отличник здравоохранения», 259 присвоено звание «Заслуженный врач Российской Федерации», пяти - «Заслуженный работник высшей школы Российской Федерации». Целый ряд выпускников стали академиками, членами-корреспондентами АМН СССР, РАМН, зарубежных академий, известными организаторами здравоохранения. Бывшие студенты академии работают во всех регионах России, а также многих странах ближнего и дальнего зарубежья. Среди преподавателей ОмГМА 121 профессор, доктор наук; 335 доцентов и кандидатов наук; четыре заслуженных деятеля науки Российской Федерации; три заслуженных работника высшей школы; 12 заслуженных врачей Российской Федерации.
